Насколько реально слить 2 конфигурации в одну, это можно сделать простым объединением ? Если можно то как потом обновлять такую конфу ? Напишу зачем в ЗУП есть много нужных модулей но не хочется плодить 2 базы и настраивать обмены между ними что явно повлечет какие-то траблы.
(0) Простым объединением нельзя.
Там некоторые объекты по-разному называются.
С точки зрения простоты обновления и поддержки все-таки лучше 2 отдельные конфы с обменами.
Или перенести из ЗУП только то, что нужно, а не все объединять.