Первоначальная настройка обмена (с фильтрацией по организации) пытается выгрузить всю номенклатуру, контрагентов и т.д. Но я хочу что бы номенклатура, контрагенты выгружались только те что есть в реализации, оплате.

Удалил всю первичную регистрацию. Создал документы и провел. В регистрации партнеры, валюта, договоры контрагентов,пользователи, склады. А вот ни ном. ни контр. не регистрируются.
Я не понимаю почему валюта регистрируется, а контрагенты нет. Договор контрагента регистрируется похоже из-за отбора по организации в правилах регистрации?

Помогите пожалуйста. Не совсем понимаю куда смотреть.

Правила регистрации смотреть.

Ты документ один выгрузи с номенклатурой и посмотри - номенклатура то хоть выгрузилась. Прямо в файле xml.

самой номенклатуры нет. только ссылка на неё в документе

<Свойство Имя="Номенклатура" Тип="СправочникСсылка.Номенклатура"><Ссылка>
   <Свойство Имя="{УникальныйИдентификатор}" Тип="Строка" ТипИсточника="СправочникСсылка.Номенклатура" ТипПриемника="СправочникСсылка.Номенклатура">
       <Значение>701d2a9d-427c-11e1-88ec-bcaec5c84930</Значение>
   </Свойство>
   <Свойство Имя="Код" Тип="Строка">
       <Значение>00-00000080</Значение>
   </Свойство>
   <Свойство Имя="Наименование" Тип="Строка">
       <Значение>КПП в сборе 12JS200TA на МАЗ</Значение>
   </Свойство>
   <Свойство Имя="ЭтоГруппа" Тип="Булево">
       <Значение>false</Значение>
   </Свойство>
</Ссылка>
       </Свойство>

руками добавил регистрацию одной номенклатуры, контрагента. они выгрузились.