Подскажите, неужели нереально перебирать именно элементы подчиненного справочника как-то по порядку, а не элементы справочника, которому он подчинен, и по ним уже каждый раз открывать выборку подчиненных элементов искомого справочника?

Просто речь идет о довольно большом объеме справочника, которому подчинен другой, и в этом другом элементов не так много.

(0) ничего не мешает выбрать все элементы подчиненного справочника и определять родителя.

ВыбратьЭлементы(<?>)
Синтаксис:
ВыбратьЭлементы(<Режим>)
Назначение:
Открыть выборку элементов справочника.
Возвращает: 1 - если действие выполнено и в выборке есть хотя бы один элемент;
0 - если действие не выполнено или в выборке нет ни одного элемента.
Параметры:
<Режим> - как выбирать:
1 - выбирать элементы с учетом иерархии,
0 - выбирать элементы без учета иерархии (необязателен, по умолчанию - 1).
Замечание:
Метод  можно использовать только для объектов, созданных функцией СоздатьОбъект.

+ (2) в данном случае "с учетом иерархии" = "с учетом владельца" ))

Тому, кто это писал, надо в голову гвоздь забить. Спасибо, мужики! :) И с прошедшими.

За столом сидит гость.
Во лбу торчит гвоздь.
Это я его забил.
Чтобы гость не уходил.

На сколько я понял надо вбрать элементы справочника родителя у которого есть хотя бы один подчиненный элемент?