Объединил 2 конфы, все работает правильно - добавленные процедуры и функции выполняются, но шагая отладчиком в эти процедуры/функции не заходит, но возвращает нужные значения и выполняет нужные действия. Из-за чего такое может быть и как это исправить?

клиент-сервер ?

Объединил - имеется в виду была тестовая и рабочая конфа на сервере, из тестовой добавил в серверную доработки

Отладка процедур и функций серверного модуля?

(1) да

отладка серверных процедур 1с и букву Я

Это не баг, это Сервер + Клиент :)
...Меняй профессию, программирование не твой конек :)...

(6) ладно, может не так выразился,занимаюсь 1с пару месяцев. зачем сразу язвить?

Отладка кода на сервере
Для установки отладочного режима следует запустить сервер 1С:Предприятия с ключом командной строки /Debug (ragent.exe /debug).

это?

оно самое

либо отлаживай на файловой базе

спасибо