Номенклатурные группы задаются в одноименном справочнике. Тут все будет зависеть от статей затрат которые вы будете указывать. Для основной системы нужно указывать при создании статьи "По деятельности с основной системой налогообложении (общая или упрощенная" для ЕНВД "По отдельным видам деятельности с особым порядком налогообложения". Если же нужно распределение между видами деятельности то отнесите затраты на 25 счет и при создании статьи расходов укажите распределение"По разным видам деятельности". А для того чтоб подставлялись счета при реализации ЕНВД с 90.01.2 и 90.02.2 могу предложить создать отдельные группы номенклатуры в справочнике Номенклатура и прописать соответствующие счета в регистре сведении "Счета учета номенклатуры"
Основная теорема систематики: Новые системы плодят новые проблемы.