День добрый уже какой день мучаемся с такого рода вопросом:
(Стоит суммированный учет рабочего времени, ЗУП 2.5.41.3)
Если ставишь период - "Внутрисменный", то эти часы считаются как отработанные и при начислении зарплаты производится начисление других видов оплаты на эти часы.
Если ставишь - "Целодневный", то все норм.

Но не всегда же человеку весь день оплачивают, как это побороть??