Подскажите пожалуйста у сотрудницы которая была в отпуске по уходу поставил вручную реквизит состояние физ.лица "Основной",нор теперь не заполняет средний.Я так понимаю этот реквизит нужно привязать к документу отпуск по ужоду,может кто подскажет???

Скорее всего, это разные вещи.
"поставил вручную" - зачем?

А потому что когда в документе отпуск по уходу ставишь дату окончания и записываешь его,состояние не меняется на основного сотрудника и зарплата не начисляется.

Поставь вручную ПЕРЕД окончанием отпуска.
Перепроведи отпуск.
Состояние перейдет на окончание отпуска.
Удали ручное вмешательство.

Спасибо получилось!