УТ 8.2.14.4 в ней несколько фирм с одинаковым инн и разным кпп. Можно ли перенести данные в БП 2.0.26.8 чтобы все отразилось только на одной организации? Если делать штатными средствами, достаточно ли настройки сопоставления справочников только по ИНН?

Попробуй на копии, возможно возникнут траблы с договорами.