Кто нибудь встречался с этой проблемой?

Какой реестр? В банк?
Может речь не о начислениях, а о выплате компенсации за задержку зарплаты? В документе "Зарплата к выплате" она отдельной колонкой идет в табличной части. Надо ее прибавлять к сумме при выгрузке. Это в коде обработки должно быть.

не верно сформулировал, именно в банк, именно о выплате...идет отдельной колонкой все верно, но при выгрузке она теряется...Как ее добавлять не подскажете?

(2) Надо в конфигураторе открыть эту обработку и посмотреть в коде, убедиться, что тот кто ее писал, забыл прибавить компенсацию к сумме. И дописать.

ага спасибо, это же типовая конфигурация-неужели это известная недоработка?

+3 Вот кусок запроса из типовой обработки
        |    ЗарплатаКВыплатеОрганизацийЗарплата.Сумма + ЗарплатаКВыплатеОрганизацийЗарплата.КомпенсацияЗаЗадержкуЗарплаты КАК Сумма,

(4) А Вы типовой обработкой выгружаете? Или самописной?

абсолютно типовой ЗиУП

(7) Обработка может быть и внешней. Как Вы выгрузку запускаете?

(7) Кстати, если ЗУП 3.0, то я пас. Даже не видел, не открывал еще.

документ зп к выплате, выгрузка

в реестре выгрузки если посмотреть на него в печатном виде, суммы компенсации исчезают

ЗиУП 2.0

(7) А вы только компенсацию перечисляете, или вместе с зарплатой?

вместе с зп

но если указывать только компенсацию, то сумм компенсации в реестре тоже нет

(12) 2.0? Такую старую и не помню. Или 2.5?
(10) В доке "Зарплата к выплате организаций" есть кнопка "Выгрузить" нажимаете? В типовой вроде такой кнопки.

да - В доке "Зарплата к выплате организаций" есть кнопка "Выгрузить" нажимаем