Пытаюсь получить оборот по счету 62.1 в корреспонденции со счетом 90.1.2.
БИ77.ВыполнитьЗапрос(ДатаНач, ДатаОстатков, "62.1", "90.1.2");

В итоге получаю оборот в целом по 62.1. Почему такое может быть? Что неправильно указываю в запросе?

Если указываю так:
БИ77.ВыполнитьЗапрос(ДатаНач, ДатаОстатков, "62.1", "90.1.2", , 2)
то ругается, что неправильный тип итогов

используй тип итогов 2
или
выбрать корсчета

<ТипИтогов> - число - тип отбираемых итогов. Может принимать следующие значения: 1 - остатки и обороты по счету в целом; 2 - обороты между счетами; 3 - первое и второе вместе. По умолчанию: 1.

(2) ставлю 2, ругается, что не совпадают типы

и 3 ставил, тоже ругается

(2) счета попробуй указывать не строкой, а СчетПоКоду("62.1")
может со счетами что-то?

(2) даты точно не пустые?

(7) с датами и счетами все в порядке, обороты считаются, только почему-то без учета Коррсчета

Субконто какие-то используются?

еще не уточнил, что это прописываю в 8.2. через OLE считываю обороты 7.7

Используются    
БИ77.ВыбратьСубконто(1);    
Пока БИ77.ПолучитьСубконто(1)=1 цикл
.........

(10) Если ОЛЯ, то указывай ВСЕ параметры, не помня об умолчаниях.

(12) а почему может ругаться на тип итогов? что за несовпадающие типы

(0) добейся конструктором бух.итогов нужной цифры и проанализируй колучившийся код

БИ77.ВыполнитьЗапрос(ДатаНач, ДатаОстатков, "62.1");
   БИ77.ВыбратьСубконто(1);    
   Пока БИ77.ПолучитьСубконто(1)=1 цикл
       СуммаОборот = 0;
       БИ77.ВыбратьКорСчета();
       Пока БИ77.ПолучитьКорСчет() = 1 Цикл
// сюда вообще не попадает
           Если БИ77.Коррсчет = "90.1.2" Тогда
           СуммаОборот = БИ77.ДО();
           КонецЕсли;
       КонецЦикла;

15 для того чтобы попадал нужен тип итогов 2 или 3
запросом попробуй, по операциям.

если база с ОУ - проверь точку актуальности