Мигрируют ли изменения сделанные посредством ТИИ в обмен РИБ?

Например При ТИИ удалилась ссылка на несуществующий объект в каком-то объекте ...

Да.
Вообще с удаление при работе с УРБД надо быть очень осторожным.

а вот нафига интересно удаление ссылки на несуществующий объект куда-то передавать?

(2) ну факт удаления то будет, значит и регистрация будет.
И кстати при обменах Битая ссылка - НЕ есть ошибка на 100%.

(3) удаление было раньше, когда появились битые ссылки

(4) нет, это скорее косяк при обмене, объект не пришел из периферийной базы, а ссылка на него естественно есть.

(5) может быть и такой вариант, поэтому нужно выяснять причину появления битых ссылок и только после этого ее устранять а не гонять ТиИ каждый раз

(6) от именно, нефиг в РИБ удалять ссылки с помощью ТИИ)

(7) я бы и без РИБ запретил его юзать чаще чем раз в квартал

Да, я всем узлам-дочкам запретил детать ТИИ с удалением.

Но неожиданно стало интересно, а вдруг не будет записи об изменении

(9) там сложнее. Ведь от вас есть запись об изменении и от них тоже запись. Получается коллизия. Наверно, всё таки приорите будет и центра. А их записи об изменениях проигнорируются.